Ό,τι χρειάζεται η ομάδα σας για να προετοιμαστεί: ένας πρακτικός οδηγός εργαλείων υπολογιστικής βιολογίας, η δομή της τελικής παρουσίασης, η εργαλειοθήκη και όλες οι συχνές ερωτήσεις.
Ένας πρακτικός οδηγός για ομάδες που δουλεύουν για πρώτη φορά με εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας, από την αλληλουχία πρωτεΐνης στην πρόβλεψη και αξιολόγηση της δομής: τι κάνετε σε κάθε βήμα, ποια εργαλεία χρησιμοποιείτε και πώς κρίνετε πόσο αξιόπιστα είναι τα αποτελέσματα.
Ξεκινήστε από ένα σαφές βιολογικό ερώτημα που μπορεί να ελεγχθεί — όχι από το εργαλείο. Ορίστε ποια πρωτεΐνη (ή ποιο σύμπλοκο) σας ενδιαφέρει, με τι θα τη συγκρίνετε και τι θα εξετάσετε για να απαντήσετε.
Ταιριάζει στην πρόβλεψη δομής
Χρειάζεται και άλλες μεθόδους
Αναζητήστε την πρωτεΐνη στο UniProt και κατεβάστε την αλληλουχία αμινοξέων σε μορφή FASTA. Ελέγξτε τον σχολιασμό της εγγραφής — οργανισμό, ισομορφές και χαρακτηριστικά όπως το πεπτίδιο‑σήμα. Για την παραλλαγή, αλλάξτε σε ένα αντίγραφο της αλληλουχίας μόνο το συγκεκριμένο κατάλοιπο.
Προσοχή: Η θέση ενός καταλοίπου στη βιβλιογραφία μπορεί να διαφέρει από τη θέση του στην αλληλουχία του UniProt — οι β‑λακταμάσες περιγράφονται συνήθως με την αρίθμηση Ambler. Πριν από την αντικατάσταση, βεβαιωθείτε ότι στη θέση που επιλέξατε βρίσκεται πράγματι το αναμενόμενο αμινοξύ.
Πριν τρέξετε οποιαδήποτε πρόβλεψη, δείτε αν υπάρχουν ήδη δομές. Η AlphaFold Protein Structure Database περιέχει έτοιμες προβλέψεις για πολλές πρωτεΐνες του UniProt, ενώ οι RCSB PDB και PDBe περιέχουν πειραματικά προσδιορισμένες δομές.
Το AlphaFold Server δίνει δωρεάν πρόσβαση στο AlphaFold 3 για μη εμπορική χρήση, με ημερήσιο όριο εργασιών. Επικολλάτε την αλληλουχία (ή τις αλληλουχίες του συμπλόκου), ονομάζετε την εργασία και την υποβάλλετε. Τρέξτε την αναφορά και την παραλλαγή ως δύο ξεχωριστές εργασίες, ώστε να είναι συγκρίσιμες.
Προσοχή: Το AlphaFold Server δέχεται μόνο τους προσδέτες, τα ιόντα και τις τροποποιήσεις που υποστηρίζει — όχι αυθαίρετες χημικές δομές. Ελέγξτε τις Συχνές ερωτήσεις του πριν σχεδιάσετε τη ροή σας· για σύμπλοκα με αναστολείς, όπως η αβιβακτάμη, ίσως χρειαστεί τοπική εγκατάσταση του AlphaFold 3 ή μοριακή πρόσδεση (docking).
Κάθε πρόβλεψη συνοδεύεται από δείκτες εμπιστοσύνης. Είναι το πρώτο πράγμα που κοιτάζετε: δείχνουν ποια τμήματα του μοντέλου μπορείτε να χρησιμοποιήσετε και ποια όχι. Μια δομή με χαμηλή εμπιστοσύνη στην περιοχή που σας ενδιαφέρει δεν στηρίζει συμπεράσματα για αυτήν την περιοχή.
Ανοίξτε τα μοντέλα σε ChimeraX ή PyMOL, χρωματίστε τα κατά pLDDT και υπερθέστε τα στις πειραματικές δομές. Το RMSD μετά την υπέρθεση δίνει ένα αριθμητικό μέτρο της απόκλισης· το Foldseek βρίσκει δομικά όμοιες πρωτεΐνες, ακόμη και με μικρή ομοιότητα αλληλουχίας.
Χρήσιμες εντολές
color bfactor #1 palette alphafoldΧρωματισμός κατά pLDDT (οι τιμές βρίσκονται στο πεδίο B-factor).matchmaker #2 to #1Υπέρθεση του μοντέλου #2 στο #1· εμφανίζεται το RMSD.align variant, referenceΥπέρθεση δύο δομών και υπολογισμός RMSD (τα ονόματα των αντικειμένων είναι ενδεικτικά).Το AlphaFold δίνει μια στατική πρόβλεψη δομής. Δεν σχεδιάστηκε για να προβλέπει την επίδραση σημειακών μεταλλάξεων — μία μόνο αντικατάσταση συχνά μεταβάλλει ελάχιστα την προβλεπόμενη δομή — ούτε τις συγγένειες πρόσδεσης. Αυτό δεν είναι αποτυχία της ομάδας· είναι το όριο της μεθόδου και πρέπει να δηλώνεται.
Η προτεινόμενη δομή για την τελική παρουσίαση της ομάδας σας: τέσσερις ενότητες που οδηγούν το κοινό από την ιδέα στα αποτελέσματα.
περίπου 1 λεπτό
περίπου 3 λεπτά
περίπου 3 λεπτά
περίπου 3 λεπτά
Κανόνας για όλες τις ομάδες
Στην τελική παρουσίαση, κάθε ομάδα πρέπει να αναφέρει:
Η χρήση εργαλείων τεχνητής νοημοσύνης και υπολογιστικής βιολογίας δεν υποκαθιστά την επιστημονική επικύρωση.
Μια επιμελημένη λίστα εργαλείων, βάσεων δεδομένων και πόρων βιοπληροφορικής και υπολογιστικής βιολογίας: από τον έλεγχο της αλληλουχίας έως την πρόβλεψη, τη σύγκριση και την οπτικοποίηση δομών.
Ξεκινήστε από εδώ: τα εργαλεία που καλύπτουν τον πυρήνα της ροής εργασίας του hackathon.
Επίσημη διαδικτυακή πρόσβαση στο AlphaFold 3 για μη εμπορική χρήση.
alphafoldserver.comΈλεγχος πρωτεϊνικής αλληλουχίας, ισομορφών και λειτουργικού σχολιασμού.
uniprot.orgΑναζήτηση διαθέσιμων προβλεπόμενων πρωτεϊνικών δομών και συμπλόκων.
alphafold.ebi.ac.ukΠειραματικά προσδιορισμένες τρισδιάστατες δομές και δομικά δεδομένα.
rcsb.orgΤρισδιάστατη οπτικοποίηση, ανάλυση και σύγκριση μοριακών δομών.
rbvi.ucsf.edu/chimeraxΕμφανίζονται και τα 12 εργαλεία
Στάδιο 1 · 4 εργαλεία
Ελέγξτε και στοιχίστε αλληλουχίες, εντοπίστε ομόλογες πρωτεΐνες και λειτουργικές περιοχές.
Αναζήτηση ομολογίας και τοπικής ομοιότητας αλληλουχιών.
Οικογένειες πρωτεϊνών και λειτουργικές περιοχές.
Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών.
Συλλογή εργαλείων για αλληλουχίες, στοίχιση και αναλύσεις.
Στάδιο 2 · 4 εργαλεία
Προβλέψτε τη δομή πρωτεϊνών και συμπλόκων από την αλληλουχία.
Επίσημος κώδικας του AlphaFold 3 και τεχνική τεκμηρίωση· ισχύουν οι όροι χρήσης των παραμέτρων του μοντέλου.
Προσβάσιμη ερευνητική ροή για προβλέψεις βασισμένες στο AlphaFold και σε παράγωγες μεθόδους.
Εναλλακτικό εργαλείο και μοντέλο για την πρόβλεψη πρωτεϊνικών δομών και αλληλεπιδράσεων.
Ομολογιακή μοντελοποίηση πρωτεϊνικών δομών.
Στάδιο 3 · 1 εργαλείο
Αναζητήστε προβλεπόμενες και πειραματικά προσδιορισμένες δομές.
Ευρωπαϊκή πύλη για δεδομένα της Protein Data Bank και εργαλεία δομικής βιολογίας.
Στάδιο 4 · 1 εργαλείο
Εντοπίστε πρωτεΐνες με παρόμοια τρισδιάστατη δομή.
Ταχεία αναζήτηση δομικής ομοιότητας.
Στάδιο 5 · 1 εργαλείο
Εξετάστε, αναλύστε και παρουσιάστε τις δομές σε τρεις διαστάσεις.
Μοριακή οπτικοποίηση και δημιουργία επιστημονικών απεικονίσεων.
Υλικό αναφοράς · 1 πόρος
Επίσημη τεκμηρίωση και πόροι για τα εργαλεία πρόβλεψης δομής.
Κεντρική σελίδα, τεκμηρίωση και πρόσβαση σε πόρους του AlphaFold.
Η λίστα είναι ενδεικτική και επεκτάσιμη· η Επιστημονική Επιτροπή μπορεί να προσθέτει ή να αφαιρεί εργαλεία ανάλογα με τις ανάγκες των τεσσάρων προκλήσεων.
Τεκμηρίωση εργαλείων στην τελική παρουσίαση: δείτε τον κανόνα για όλες τις ομάδες
Μέσα από τις συχνότερες ερωτήσεις και απαντήσεις μπορείτε να ενημερωθείτε για τον τρόπο διεξαγωγής του Hackathon, τις βασικές προϋποθέσεις και τα στάδια του διαγωνισμού, ώστε να γνωρίζετε τι να περιμένετε και να προετοιμαστείτε κατάλληλα για τη συμμετοχή σας.
31 ερωτήσεις
Προτεινόμενες αναζητήσεις
Το BIOHackathon 2027 είναι ένα hackathon υπολογιστικής βιολογίας που οργανώνεται από κοινού από τους εξής φορείς: Περιφέρεια Κεντρικής Μακεδονίας (Αντιπεριφέρεια Ψηφιακής Διακυβέρνησης), WALK – Κέντρο Επιχειρηματικότητας και Καινοτομίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, Διεθνές Πανεπιστήμιο της Ελλάδος (Τμήμα Επιστημών Διατροφής και Διαιτολογίας), Διεθνές Πανεπιστήμιο της Ελλάδος (Τμήμα Βιοϊατρικών Επιστημών), Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών, ΙΝΕΒ), Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών (Ινστιτούτο Χημικής Βιολογίας), Πανεπιστήμιο Δυτικής Αττικής (Τμήμα Μηχανικών Βιοϊατρικής), Anatolia American University U.L.E., ACM Student Chapter UoA και Google Developer Group on Campus Athens.
Σκοπός του είναι η συνεργασία, η ανάπτυξη ιδεών και η αναζήτηση καινοτόμων λύσεων σε συγκεκριμένες προκλήσεις (cases). Οι συμμετέχοντες, οργανωμένοι σε ομάδες, αξιοποιούν εργαλεία υπολογιστικής βιολογίας σε τέσσερις προκλήσεις μικροβιακής αντοχής: υγεία, διατροφή, γεωργία και κτηνοτροφία.
Όχι. Η συμμετοχή είναι δωρεάν για όλους τους συμμετέχοντες.
Η εγγραφή είναι ατομική, η συμμετοχή όμως γίνεται πάντα σε ομάδα. Κάθε συμμετέχων συμπληρώνει ο ίδιος τη φόρμα εγγραφής συμμετεχόντων της διοργάνωσης, με τα δικά του στοιχεία, και αποδέχεται ατομικά τους όρους συμμετοχής.
Οι λύσεις αναπτύσσονται και παρουσιάζονται μόνο από ομάδες 2 έως 5 μελών· δεν υποβάλλονται ατομικές λύσεις. Αν δεν έχετε ομάδα, εγγραφείτε κανονικά και η Οργανωτική Επιτροπή θα σας εντάξει σε μία.
Όχι. Μπορείτε να εγγραφείτε και χωρίς ομάδα: η Οργανωτική Επιτροπή θα σας εντάξει σε μία, με στόχο τη διεπιστημονική συνεργασία. Όλοι πάντως συμμετέχουν ως μέλη ομάδας, γιατί οι λύσεις αναπτύσσονται και παρουσιάζονται μόνο από ομάδες.
Κάθε συμμετέχων λαμβάνει μέρος μόνο στην ομάδα στην οποία έχει δηλωθεί ή ενταχθεί.
Το hackathon απευθύνεται σε φοιτητές, ερευνητές και επαγγελματίες που ενδιαφέρονται για τη βιολογία, την τεχνητή νοημοσύνη και την ανάλυση δεδομένων.
Δικαίωμα συμμετοχής: Φυσικά πρόσωπα που έχουν συμπληρώσει το 18ο έτος της ηλικίας τους: φοιτητές, ερευνητές, μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας, επιστήμονες, επαγγελματίες και λοιποί ενδιαφερόμενοι (Όροι, άρθρο 1).
Κάθε συμμετέχων εγγράφεται ατομικά, αποδέχεται τους όρους συμμετοχής και γίνεται μέλος μιας ομάδας 2 έως 5 ατόμων από διαφορετικά επιστημονικά ή επαγγελματικά πεδία — για παράδειγμα, γνώσεις βιολογίας ή βιοχημείας σε συνδυασμό με υπολογιστικές δεξιότητες.
Οι ομάδες είναι διεπιστημονικές, οπότε τα μέλη τους αλληλοσυμπληρώνονται. Το πρόγραμμα περιλαμβάνει παρουσιάσεις από ειδικούς, που προσφέρουν το απαραίτητο επιστημονικό και τεχνικό υπόβαθρο, ενώ οι τεχνικοί μέντορες βοηθούν στην προετοιμασία των δεδομένων εισόδου, στην ανάγνωση των αποτελεσμάτων και στην αξιολόγηση των προβλέψεων. Στο υλικό προετοιμασίας θα βρείτε επίσης οδηγό εργαλείων υπολογιστικής βιολογίας και εργαλειοθήκη.
Αν δεν έχετε δουλέψει ποτέ με εργαλεία πρόβλεψης δομής, αξίζει να δοκιμάσετε μια πρώτη πρόβλεψη — για παράδειγμα στο AlphaFold Server — πριν από το hackathon.
Το BIOHackathon συνδυάζει σύντομες παρουσιάσεις με πρακτική, ομαδική εργασία πάνω σε συγκεκριμένα cases και πραγματικές προκλήσεις. Οι ομάδες αξιοποιούν υπολογιστικά εργαλεία για να διερευνήσουν τα cases, να αναπτύξουν τη δική τους προσέγγιση και να προτείνουν τεκμηριωμένες λύσεις.
Βασικά στάδια:
Τα παραδοτέα κάθε ομάδας, με τις προθεσμίες τους:
Κανόνας για όλους: αναφέρετε τα βασικά εργαλεία, τις πηγές δεδομένων, τις βιβλιοθήκες, τα μοντέλα και το υλικό τρίτων που χρησιμοποιήσατε, καθώς και τις βασικές εισόδους και παραμέτρους.
Τελική παρουσίαση — προτεινόμενος οδηγός:
Προτεινόμενη δομή διαφανειών:
Τους νικητές επιλέγει η Κριτική Επιτροπή του BIOHackathon, με βάση τα κριτήρια αξιολόγησης. Η αξιολόγηση γίνεται στην κεντρική εκδήλωση: 26 Φεβρουαρίου 2027.
Τα μέλη της Κριτικής Επιτροπής παρουσιάζονται στη σελίδα «Επιτροπές και μέντορες».
Ναι, εφόσον έχετε το δικαίωμα να το χρησιμοποιήσετε για τον σκοπό της συμμετοχής σας. Σύμφωνα με τους όρους συμμετοχής:
Για παράδειγμα, το AlphaFold Server επιτρέπει μόνο μη εμπορική χρήση, σύμφωνα με τους όρους χρήσης του (ανοίγει σε νέα καρτέλα).
Ναι. Οι συμμετέχοντες τηρούν τις αρχές της επιστημονικής δεοντολογίας, της διαφάνειας, του αμοιβαίου σεβασμού και της καλόπιστης συνεργασίας. Δεν επιτρέπονται συμπεριφορές παρενόχλησης, διάκρισης, εκφοβισμού ή παρεμπόδισης της συμμετοχής άλλων. Η ανταλλαγή γνώσης και η συνεργασία μεταξύ των ομάδων ενθαρρύνονται, χωρίς όμως να οδηγούν σε μη εξουσιοδοτημένη αντιγραφή ή οικειοποίηση του έργου άλλων.
Λόγοι αποκλεισμού είναι, ενδεικτικά, η ουσιώδης παραβίαση των όρων, η λογοκλοπή, η υποβολή ψευδών ή παραπλανητικών πληροφοριών, η σκόπιμη παραποίηση δεδομένων ή αποτελεσμάτων, η μη επιτρεπόμενη χρήση λογισμικού, δεδομένων ή εργαλείων, η σοβαρή παραβίαση των κανόνων δεοντολογίας ή ασφάλειας και η απόπειρα αθέμιτης επιρροής της αξιολόγησης. Πριν από απόφαση αποκλεισμού, ο ενδιαφερόμενος μπορεί να εκθέσει εγγράφως τις απόψεις του, εντός 24 ωρών από τη γνωστοποίηση της παράβασης.
Η Κριτική Επιτροπή αξιολογεί τις προτάσεις και τις λύσεις με βάση 4 κριτήρια, με τις παρακάτω βαρύτητες:
Κάθε κριτήριο βαθμολογείται από 0 έως 10· η τελική βαθμολογία είναι το σταθμισμένο άθροισμα. Σε περίπτωση ισοβαθμίας προηγείται η ομάδα με την υψηλότερη βαθμολογία στο κριτήριο Α και, αν η ισοβαθμία παραμένει, στο κριτήριο Δ.
Στόχος της αξιολόγησης είναι να αναδειχθούν λύσεις με ουσιαστικό αντίκτυπο, καινοτόμο προσέγγιση, επιστημονική εγκυρότητα, άμεση σύνδεση με το challenge και αποτελεσματική παρουσίαση.
Ναι. Στις ομάδες που θα διακριθούν απονέμονται τα ακόλουθα χρηματικά βραβεία:
Κάθε βραβείο καταβάλλεται ισομερώς στα μέλη της ομάδας που διακρίθηκε, στον τραπεζικό λογαριασμό του καθενός. Η καταβολή γίνεται σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία και υπόκειται σε τυχόν φορολογικές υποχρεώσεις ή νόμιμες κρατήσεις· μπορεί επίσης να ζητηθούν τα αναγκαία δικαιολογητικά.
Απονομή των βραβείων: 26 Φεβρουαρίου 2027
Σε όσους τη δημιουργούν — σε εσάς και στην ομάδα σας. Οι συμμετέχοντες διατηρούν τα δικαιώματα πνευματικής ή βιομηχανικής ιδιοκτησίας που τυχόν έχουν στα πρωτότυπα έργα, τις μεθοδολογίες, τον κώδικα, τις αναλύσεις, τις παρουσιάσεις και τα λοιπά αποτελέσματα που δημιουργούν στο πλαίσιο του Hackathon. Η συμμετοχή δεν μεταβιβάζει αυτά τα δικαιώματα στη διοργάνωση, στους μέντορες ή σε άλλους συμμετέχοντες· οι μέντορες, ειδικά, παραιτούνται από κάθε δικαίωμα πνευματικής ιδιοκτησίας στις λύσεις των ομάδων που καθοδηγούν.
Παραχωρείτε στη διοργάνωση μη αποκλειστική, δωρεάν, παγκόσμια και αόριστης διάρκειας άδεια να χρησιμοποιεί, να παρουσιάζει, να δημοσιεύει και να αναπαράγει τα παραδοτέα, τις παρουσιάσεις και τις περιλήψεις των λύσεων, για σκοπούς προβολής, ενημέρωσης και εκπαίδευσης. Η άδεια δεν περιλαμβάνει δικαίωμα εμπορικής εκμετάλλευσης ούτε δημοσιοποίησης του πλήρους πηγαίου κώδικα, εμπιστευτικού υλικού ή μη δημοσιευμένων ερευνητικών δεδομένων.
Η παρουσίαση μιας ιδέας ή λύσης στο Hackathon δεν δίνει σε άλλους συμμετέχοντες δικαίωμα να την αντιγράψουν ή να την οικειοποιηθούν.
Η δημόσια παρουσίαση μιας λύσης μπορεί να επηρεάσει τη δυνατότητα μεταγενέστερης προστασίας ορισμένων αποτελεσμάτων (π.χ. με δίπλωμα ευρεσιτεχνίας). Αν σας αφορά, λάβετε έγκαιρα τα μέτρα που χρειάζονται.
Πριν από την κεντρική εκδήλωση, οι ομάδες συγκροτούνται, συναντούν τους μέντορές τους στα Kick Start meetings και υποβάλλουν τις προτάσεις τους, τις οποίες αξιολογεί η Κριτική Επιτροπή — δείτε τα βασικά στάδια.
Συμπληρώνοντας τη φόρμα εγγραφής συμμετεχόντων (ανοίγει σε νέα καρτέλα) της διοργάνωσης. Η εγγραφή είναι ατομική: κάθε συμμετέχων εγγράφεται με τα δικά του στοιχεία και αποδέχεται ατομικά τους όρους συμμετοχής.
Σε κάθε περίπτωση, η λύση αναπτύσσεται και παρουσιάζεται από την ομάδα. Οι μέντορες δηλώνουν συμμετοχή ξεχωριστά, μέσω της φόρμας μεντόρων (ανοίγει σε νέα καρτέλα).
Οι εγγραφές είναι ανοιχτές. Προθεσμία εγγραφών: 30 Νοεμβρίου 2026.
Ναι. Οι μέντορες δηλώνουν συμμετοχή ξεχωριστά, ως επιστημονικοί ή τεχνικοί μέντορες, μέσω της φόρμας μεντόρων (ανοίγει σε νέα καρτέλα). Καθοδηγούν τις ομάδες κατά τη διαμόρφωση και ανάπτυξη της προσέγγισής τους.
Για ερωτήσεις ή απορίες σχετικά με την εκδήλωση, απευθυνθείτε στην Οργανωτική Επιτροπή:
Κατά τη διάρκεια του hackathon, τα επιστημονικά και τεχνικά ζητήματα τα συζητάτε με τους μέντορες της ομάδας σας.
Κάθε ομάδα έχει από 2 έως 5 μέλη, από διαφορετικά επιστημονικά ή επαγγελματικά πεδία, ώστε να ενθαρρύνεται η διεπιστημονική συνεργασία. Κάθε μέλος εγγράφεται ατομικά, δηλώνοντας το όνομα της ομάδας· όσοι εγγράφονται χωρίς ομάδα εντάσσονται σε μία από την Οργανωτική Επιτροπή. Κάθε ομάδα ορίζει έναν εκπρόσωπο, που είναι το βασικό πρόσωπο επικοινωνίας με τη διοργάνωση.
Μία. Κάθε ομάδα επιλέγει έναν από τους τέσσερις άξονες της μικροβιακής αντοχής:
Για κάθε άξονα δίνονται μια σύντομη περιγραφή και ένα ενδεικτικό ερευνητικό ερώτημα. Τα ερωτήματα δεν είναι υποχρεωτικά: κάθε ομάδα μπορεί να διαμορφώσει το δικό της, εφόσον συνδέεται ουσιαστικά με την πρόκληση που επέλεξε.
Κάθε ομάδα υποστηρίζεται από έναν επιστημονικό και έναν τεχνικό μέντορα. Την αντιστοίχιση κάνει η Οργανωτική Επιτροπή, με βάση τις ανάγκες των ομάδων, τη συνάφεια της ειδίκευσης και τη διαθεσιμότητα των μεντόρων, λαμβάνοντας υπόψη τυχόν προτιμήσεις.
Η καθοδήγηση γίνεται διαδικτυακά, σύμφωνα με τη διαθεσιμότητα που δηλώνει κάθε μέντορας. Ο ρόλος των μεντόρων είναι συμβουλευτικός: η ευθύνη για τη μεθοδολογία, τα αποτελέσματα και την υποβολή της λύσης παραμένει στην ομάδα.
Κάθε συμμετέχων υποβάλλει μόνο τα δικά του στοιχεία, μέσω της φόρμας εγγραφής της διοργάνωσης· το όνομα ομάδας χρησιμοποιείται μόνο για να ομαδοποιηθούν τα μέλη της ίδιας ομάδας. Ο τρόπος επεξεργασίας των στοιχείων σας περιγράφεται στη δήλωση προστασίας προσωπικών δεδομένων, μαζί με τα δικαιώματά σας βάσει του Γενικού Κανονισμού για την Προστασία Δεδομένων (ΓΚΠΔ).
Το AlphaFold προβλέπει την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης από την αλληλουχία αμινοξέων της και συνοδεύει κάθε πρόβλεψη με δείκτες εμπιστοσύνης για κάθε τμήμα της. Το AlphaFold 3 μοντελοποιεί επιπλέον σύμπλοκα πρωτεϊνών με άλλες πρωτεΐνες, νουκλεϊκά οξέα, μικρά μόρια και ιόντα.
Τι δεν κάνει:
Τα ενδεικτικά ερωτήματα των προκλήσεων αφορούν συχνά μεταλλάξεις (π.χ. σε μια καρβαπενεμάση όπως η KPC ή στην πρωτεΐνη CYP51). Οι διαφορές ανάμεσα στην πρωτεΐνη αναφοράς και σε μια παραλλαγή μπορεί να είναι λεπτές, γι’ αυτό συνδυάστε τις προβλέψεις με πειραματικές δομές και συμπληρωματικά εργαλεία.
FASTA από το UniProt.Το AlphaFold Server υποστηρίζει ένα περιορισμένο σύνολο προσδετών και ιόντων· για άλλα μικρά μόρια, η τοπική εγκατάσταση του AlphaFold 3 δέχεται ορισμό με κωδικό CCD ή SMILES.
Προσοχή στην αρίθμηση: οι θέσεις μεταλλάξεων στις β-λακταμάσες δίνονται συνήθως στην αρίθμηση Ambler, που μπορεί να διαφέρει από τη θέση στη δική σας αλληλουχία.
Είναι οι δείκτες με τους οποίους το AlphaFold εκτιμά πόσο αξιόπιστη είναι η δική του πρόβλεψη.
pLDDT0–100 · ανά κατάλοιπο (ανά άτομο στο AlphaFold 3)
Τοπική εμπιστοσύνη για κάθε σημείο της δομής· στα μοντέλα εμφανίζεται συνήθως με αυτά τα χρώματα.
PAEÅ · ανά ζεύγος καταλοίπωνpTM0–1 · ολόκληρη η δομήipTM0–1 · διεπιφάνειαΥψηλή εμπιστοσύνη δεν σημαίνει απαραίτητα ότι η πρόβλεψη αντιστοιχεί στη βιολογικά σχετική κατάσταση της πρωτεΐνης.
Εξαρτάται από το στάδιο της ανάλυσης. Ενδεικτικά, από την εργαλειοθήκη του hackathon:
Στην τελική παρουσίαση, αναφέρετε όλα τα εργαλεία και τις βάσεις δεδομένων που χρησιμοποιήσατε.
Βιολογία, χημεία, βιοχημεία, ιατρική, βιοπληροφορική, υπολογιστική βιολογία
Πρακτική εμπειρία στη χρήση των υπολογιστικών εργαλείων
Ορισμένοι μέντορες έχουν διπλή ειδίκευση και καλύπτουν και τα δύο πεδία. Όταν ένα ζήτημα αγγίζει και τα δύο, περιγράψτε στον μέντορα τι θέλετε να απαντήσετε και τι έχετε ήδη δοκιμάσει.
Όχι. Η χρήση εργαλείων τεχνητής νοημοσύνης και υπολογιστικής βιολογίας, όπως το AlphaFold, δεν υποκαθιστά την επιστημονική επικύρωση. Οι προβλέψεις είναι υποθέσεις εργασίας, που ελέγχονται με πειραματικά δεδομένα, συγκρίσεις και βιβλιογραφία.
Στην τελική παρουσίαση, κάθε ομάδα τεκμηριώνει τα εργαλεία, τις βάσεις δεδομένων και τις πηγές που χρησιμοποίησε, καθώς και τις βασικές εισόδους και παραμέτρους, και παρουσιάζει την επικύρωση και τους περιορισμούς της προσέγγισής της.
Καμία ερώτηση δεν ταιριάζει
Δοκιμάστε μια άλλη ή πιο γενική λέξη — ή στείλτε μας απευθείας την ερώτησή σας.